Jean-David Waeber a étudié l’orgue avec Jean-François Vaucher au Conservatoire de Lausanne puis avec Maurizio Croci à la Haute Ecole de Musique de Lausanne, alors qu’il suit des études de Lettres à l’Université de Fribourg. Après l’obtention d’un Master d’interprétation en orgue, il se perfectionne dans l’étude de la musique ancienne à la Civica Scuola di Musicade Milan avec, principalement, Lorenzo Ghielmi. Il a suivi des masterclass en Suisse et à l’étranger. Dans ce cadre-là, il a entre autres travaillé avec Luigi Ferdinando Tagliavini, Michael Radulescu, Pieter van Dijk, José Luis Gonzalez Uriol, Maurizio Salerno et Hans Davidson. Il s’est également formé dans les domaines du chant, de l’improvisation et de la direction chorale. 

Il partage actuellement son temps entre enseignement, jeu de l’orgue et direction chorale. Il est engagé comme organiste adjoint à la Cathédrale de Sion, dirige la nouvelle Schola d’Aigle, dont les jeunes choristes reçoivent une formation musicale et vocale intense, enseigne la musique et dirige plusieurs ensembles dont l’Ecole maîtrisienne de la Cathédrale de Sion, autre lieu de formation rassemblant environ 25 jeunes chanteurs et instrumentistes, ainsi que le chœur d’oratorio Oracantat, rattaché lui aussi à la Cathédrale de Sion.